Zowel beheerovereenkomst als beheersovereenkomst is correct. Samenstellingen met beheer als eerste deel worden zowel met als zonder tussen-s uitgesproken. Op grond van die uitspraakvariatie zijn er twee gelijkwaardige spellingen. De vorm beheersovereenkomst is veel gebruikelijker, maar beheerovereenkomst is zeker niet ongewoon. Vergelijkbare voorbeelden zijn: beheer(s)kosten, beheer(s)maatregel, beheer(s)plan, beheer(s)systeem.

In principe zijn samenstellingen met beheer als eerste deel dubbelzinnig als ze met een tussen-s geschreven worden. Ze kunnen in dat geval ook begrepen worden als samenstellingen met beheers, de stam van het werkwoord beheersen. In de praktijk is die dubbelzinnigheid zelden een probleem omdat het eerste deel in zulke samenstellingen bijna uitsluitend de betekenis van het werkwoord beheren heeft.