Het GRUP maakt de dijkwerken mogelijk die het Fort van Lillo beter moeten beschermen tegen overstromingen. Voor deze dijkwerken is het noodzakelijk dat de bestaande getijdenhaven wordt verplaatst. Met het GRUP wordt ook een kader gecreëerd waarbinnen de uitvoering van het Masterplan Fort Lillo(opent in nieuw venster) en het verfijnde ontwerp mogelijk wordt. Dit maakt onder meer een nieuwe bezoekersparking mogelijk.

De dijkverhogingen rond het Fort van Lillo, van 8 naar 11 meter TAW, worden uitgevoerd als onderdeel van het Geactualiseerd Sigmaplan (opent in nieuw venster). Deze waterkering vormt een essentiële schakel in de bescherming van het havengebied aan de rechteroever
van de Zeeschelde. Het ontwerp van de Vlaamse Waterweg voor deze nieuwe dijk maakt het mogelijk om de historische grachtenstructuur van het Fort van Lillo te herstellen aan de zijde van de Schelde. De bestaande getijdenjachthaven die in
een arm van de oude vestenstructuur werd aangelegd, kan daarbij niet behouden blijven. Daarom zal de getijdenhaven verplaatst worden en vervalt de bescherming als stadsgezicht voor de getijdenhaven en het veer.