Zowel werkzaam binnen de overheid als werkzaam bij de overheid is correct. Binnen wordt hier gebruikt in een minder letterlijke betekenis dan in combinaties als binnen de stad; er is geen sprake van een concrete ruimte. Daartegen is geen bezwaar, maar veelvuldig gebruik van binnen kan storend zijn. Meestal kan binnen vervangen worden door bij, in, van enzovoort.

• Ze is al 25 jaar werkzaam binnen / bij de overheid.
• Als manager moet je weten wat er leeft binnen / in je organisatie.
• Alle medewerkers binnen / van het bedrijf zijn gepassioneerd met hun vak bezig.