Verontreiniging van oppervlaktewater blijft niet beperkt tot de waterkolom zelf. Een aantal stoffen hebben immers de neiging zich te binden aan het zwevend stof. Als dit zwevend stof bezinkt, gaat het samen met de eraan vastgehechte polluenten de waterbodem of sedimentlaag vormen. Verontreiniging van waterbodems is vaak het gevolg van historische vervuiling met zware metalen, pesticiden, PCB's … De kwaliteit van de Vlaamse waterbodems wordt al geruime tijd opgevolgd met de triademethode. Die methode integreert de resultaten van chemische, biologische en ecotoxicologische analyses en laat toe waterbodems in te delen in kwaliteitsklassen, gaande van niet verontreinigd tot sterk verontreinigd.