Het VEKA heeft als missie het voorbereiden, stimuleren, coördineren, uitvoeren, opvolgen en evalueren van beleidsinitiatieven op het vlak van energie en broeikasgasemissies die bijdragen aan de omslag naar een klimaatneutrale en duurzame samenleving in Vlaanderen, waarbij de beleidsinstrumenten op een kostenefficiënte en kwaliteitsvolle manier worden ingezet en rekening wordt gehouden met de sociale en economische impact.