Het gebeurt vaak dat men in de loop van het bouwproces nog bepaalde zaken aan een bestaande stedenbouwkundige vergunning wil wijzigen, waarvoor een nieuwe stedenbouwkundige vergunning moet worden aangevraagd. Als die wijzigingen worden vergund, bestaan er dus twee stedenbouwkundige vergunningen en dus twee energieprestatiedossiernummers voor één project.