De onderzoekgroep Ecosysteembeheer concentreert zich op de verschillende aspecten van geïntegreerd natuur- en bosbeheer. Bijvoorbeeld, wat leren ons onbeheerde bossen en hoe kunnen natuurlijke processen zoals windwerking, erosie en sedimentatie en herbivorie, in combinatie met gerichte traditionele beheertechnieken, de biodiversiteit in natuurgebieden versterken? Welk beheer kan ervoor zorgen dat ecosystemen in bossen en in multifunctioneel landelijk gebied functioneren? Welke nieuwe vormen van bosexploitatie zijn veelbelovend onder veranderende klimaatomstandigheden en ook gunstig voor de biodiversiteit? En hoe kan een gericht beheer in landbouwgebieden bijdragen tot het behoud van de biodiversiteit?